Las infecciones parasitarias son enfermedades desatendidas, están ligadas al desarrollo socioeconómico de las poblaciones. En Cuba se ha  logrado  reducir la infección por helmintos, no así las ocasionadas por protozoos, que mantienen alta prevalencia, asociada a  transmisión digestiva  y a la práctica de malos hábitos higiénicos sanitarios,  lo que nos motivó a establecer la magnitud de este  fenómeno en dos instituciones del sistema de salud Objetivo: Determinar  los parásitos intestinales, diagnosticados en pacientes atendidos en el Instituto de Gastroenterología (IGE) y en el Hospital Nacional  de Internos (HNI)  en el periodo 2011 al 2013 y su posible relación con factores epidemiológicos.  Métodos: Se realizó un estudio descriptivo retrospectivo, donde se utilizaron los registros del laboratorio de microbiología de ambas instituciones, se analizaron los resultados de muestras coproparasitológicas procesadas por las técnicas de examen directo y Ritchie de pacientes procedentes de consulta externa y hospitalizados Resultados: El 48.5 % en el IGE y 48.3 % en el HNI de las muestra estaban infectadas con algún parásito o comensal, sin diferencias entre los años analizados. Dentro del grupo de protozoos intestinales,  Giardia lamblia 2,5% (IGE) y  9,4% (HNI), Blastocystis spp  19 %(IGE) y 9,5%(HNI) y Entamoeba histolytica/E dispar  0,8%(IGE), 9,5%(HNI) fueron las especies diagnosticadas y mostraron diferencias estadísticamente significativas entre ambas instituciones. En el resto de las especies comensales no se hallaron diferencias significativas. Las helmintiasis fueron poco determinadas. Conclusiones: Los resultados reflejan altos niveles de infección por protozoos parásitos y comensales en ambas instituciones de salud, con predominio de Giardia lamblia y Entamoeba histolytica/E dispar en el Hospital Nacional de internos, y Blastocystis spp en el Instituto de Gastroenterología.